علت مخفى بودن قبر حضرت زهرا سلام الله علیها وصیت آن حضرت است. این وصیت فلسفه حکیمانه اى دارد و در واقع نوعى افشاگرى و اعلام تاریخى اعتراض فاطمه سلام الله علیها به جریان خلافت است. حضرتش با این وصیت، تاریخ را همواره با سؤالى مواجه مى سازد که پاسخ قاطع آن به همراهش مى باشد یعنى نشان مى دهد که آن حضرت از وضع موجود ناراضى بوده و با توجه به آن که پیامبر (ص) طبق نقل متواتر شیعه و سنى مکرراً مى فرمود: «رضاى فاطمه، رضاى خدا و پیامبر است و غضب او غضب آنهاست».

از این رو آن حضرت سند زنده اى در تاریخ مبنى بر غیر اسلامى بودن آنچه رخ داد، باقى گذارد.