حضرت فاطمه علیها السلام یکی از پنج نفری بود که در جریان مباهله با نصارا حضور داشت. داستان از این قرار است:

در سال دهم هجرت گروهی از نصارای نجران، به قصد بحث و کنجکاوی خدمت رسول خدا رسیدند، دو نفر از بزرگان آنها به نام «سید» و «عاقب» و اسقف بزرگ آنها به نام «ابوحارثه» در این جمع حضور داشتند. مسائل مختلف و از جمله کیفیت خلقت حضرت عیسی علیه السّلام مورد بحث قرار گرفت. پیامبر اکرم صلّی اللَّه علیه و آله آیاتی از اوائل سوره آل عمران را برایشان تلاوت فرمود. بحث به جدل کشید. در آن هنگام این آیه نازل شد:

«فَمَنْ حاجَّکَ فِیهِ مِنْ بَعْدِ ما جائَکَ مِنَ الْعِلْمِ فَقُلْ تَعَالَوْا نَدْعُ اَبْنائَنا وَ اَبْنائَکُم وَ نِسائَنا وَ نِسائَکُمْ وَ اَنْفُسَنا وَ اَنْفُسَکُمْ ثُمَّ نَبْتَهِلْ فَتَجْعَلْ لَعْنَةَ اللَّهِ عَلَی الْکَاذِبینَ». (1) .

یعنی: هر کس که بعد از ورود علم (آیات) بر تو، جدال می کند به آنها بگو: بیائید تا ما فرزندان خودمان را و شما هم فرزندان خودتان را، و ما زنان خودمان را و شما هم زنان خودتان را، و ما نفوس خودمان را و شما نفوس خودتان را (برای مباهله و نفرین) دعوت کنیم و از خدا تقاضا کنیم که دروغگویان را مورد طرد و لعن خود قرار دهد.

رسول اکرم نیز بر طبق دستور خداوند متعال نصارای نجران را به مباهله دعوت نمود. آنها نیز پذیرفتند لیکن پیشنهاد کردند که تا روز بعد تأخیر بیفتد.

جماعت نصارا موضوع مباهله را با خودشان به مشورت گذاشتند. ابوحارثه اسقف بزرگ آنها گفت: باید منتظر فردا باشیم تا محمد با چه کسانی به مباهله می آید. اگر با خانواده و فرزندانش آمد. معلوم می شود به گفته خود یقین دارد که عزیزترین افراد را در معرض خطر قرار می دهد، در این صورت صلاح نیست که وارد مباهله شویم. و اگر با چند نفر از اصحابش به مباهله آمد معلوم می شود در گفتارش شک دارد، در این صورت با او مباهله خواهیم نمود.

روز بعد نصارای نجران به میعادگاه آمدند، مسلمین نیز اجتماع کرده بودند. در این هنگام پیامبر را دیدند که به اتفاق یک مرد جوان و یک زن و دو کودک به سوی میعادگاه می آید. اسقف بزرگ از مسلمان ها پرسید اینها چه کسانی هستند؟.

گفته شد: آن جوان علی ابن ابی طالب پسرعمو و داماد محمد است. آن زن فاطمه دختر پیامبر و عزیزترین افراد می باشد و آن دو کودک حسن و حسین فرزندان فاطمه و علی هستند.

رسول خدا به اتفاق این چهار نفر وارد شد و برای مباهله دو زانو روی زمین نشست. ابوحارثه وقتی این منظره را دید به همراهانش گفت: به خدا سوگند محمد با اطمینان و جرأت کامل همانند پیامبران نشسته و آماده مباهله است. صورت هایی را مشاهده می کنم که اگر از خدا بخواهند، کوه از جا کنده می شود. می ترسم اگر بر ما نفرین کنند همه مسیحیان روی زمین به هلاکت برسند. مصلحت نیست مباهله کنیم. از مباهله منصرف شدند و خدمت رسول خدا رسیده تقاضای مصالحه کردند که مورد قبول قرار گرفت. (2).

قضیه مباهله داستانی است معروف که در شأن آن آیه مذکور نازل شده است و سنی و شیعه اتفاق دارند که رسول خدا صلّی اللَّه علیه و آله جز علی و فاطمه و حسن و حسین علیهم السّلام را برای مباهله پیشنهاد نکرد. و این فضیلتی است بزرگ برای حضرت فاطمه و هم چنین برای شوهرش حضرت علی و برای دو فرزندش حسن و حسین سلام اللَّه علیهم اجمعین. جالب این جاست که در آیه مذکور حسن و حسین به عنوان فرزندان رسول خدا و فاطمه به عنوان زن بیت پیامبر، و علی بن ابی طالب به عنوان نفس پیامبر معرفی شده اند.