مرضت فاطمة علیها السلام مرضا شدیدا و مکثت أربعین لیلة فی مرضها الی أن توفیت علیها السلام. فلما نعیت الیها نفسها دعت أم أیمن و أسماء بنت عمیس و وجهت خلف علی و أحضرته فقالت: یا بن عم انه نعیت الی نفسی و اننی لا أری مابی الا أننی لا حق بأبی ساعة بعد ساعة و أنا أوصیک باشیاء فی قلبی.

قال لها علی علیه السلام أوصنی بما أحببت یا بنت رسول الله فجلس عند رأسها و أخرج من کان فی البیت ثم قالت: یا بن عم ما عهدتنی کاذبة و لا خائنة و لا خالفتک منذ عاشرتنی فقال علیهالسلام معاذا الله أنت أعلم بالله و أبر و أتقی و أکرم و أشد خوفا من الله (من) أن أوبخک بمخالفتی قد عز علی مفارقتک و تفقدک الا أنه أمر لا بد منه و الله جددت علی مصیبة رسول الله صلی الله علیه و آله و قد عظمت وفاتک و فقدک فانا لله و انا الیه راجعون من مصیبة ما أفجعها و آلمها و أمضها و أحزنها هذه و الله مصیبة لا عزاء لها و رزیة لا خلف لها.

ثم بکیا جمیعا ساعة و أخذ علی رأسها و ضمها الی صدره ثم قال: أوصینی بما شئت فانک تجدنی فیها أمضی کما أمرتنی به و اختار أمرک علی أمری.

ثم قالت: جزاک الله عنی خیر الجزاء یا بن عم رسول الله أُوصیکَ اَوّلاً أنْ تَتَزَوَّجَ بَعْدی بِإبْنَةِ اُخْتی أمامَةَ، فَإنَّها تَکُونُ لِوُلْدی مِثْلی، فَإنَّ الرِّجالَ لابُدَّ لَهُمْ مِنَ النِّساءِ ....

ثم قالت: أوصیک یا بن عم أن تتخذلی نعشا فقد رأیت الملائکة صوروا صورته.

فقال لها: صفیه لی فوصفته فاتخذه لها فأول نعش عمل علی وجه الأرض ذاک و ما رأی أحد قبله و لا عمل أحد.

ثم قالت: أوصیک أن لا یشهد أحد جنازتی من هولاء الذین ظلمونی و أخذوا حقی فانهم عدوی و عدو رسول الله صلی الله علیه و آله و لا تترک أن یصلی علی أحد منهم و لا من أتباعهم و ادفنی بالیل اذا هدأت العیون و نامت الأبصار ثم صلوات الله علیها و علی أبیها و بعلها و بنیها. (6)

حضرت زهرا علیها السلام شدیداً بیمار شدند و چهل شب بیماری ادامه داشت تا آن که حضرت وفات کردند. آن زمانی که از مرگ خویش باخبر شدند، ام ایمن و أسماء بنت عمیس را فراخواندند و به دنبال حضرت علی علیه السلام فرستادند و ایشان را نیز حاضر کردند.

آنگاه حضرت گفتند: ای پسرعمو! از مرگم باخبر شده ام و چیزی نیست جز آن که هم اکنون یا پس از ساعتی به پدرم ملحق می شوم و تو را به چند سفارش که در دل دارم وصیت می کنم. علی علیه السلام فرمود: ای دختر رسول خدا! هر چه دوست داری وصیت کن. حضرت علی علیه السلام کنار سر فاطمه علیها السلام نشست و حاضران را از مجلس بیرون کرد. آنگاه حضرت زهراء گفت: ای پسرعمو! تو هرگز مرا دروغگو و خیانتکار نیافتی و از آن زمان که با شما معاشرت داشته ام با شما مخالفتی نکرده ام. حضرت فرمود: به خدا پناه می برم تو با خدا آشناتر، نیکوکارتر با تقوا تر، بزرگوارتر و از خدا خائف تر از آنی که من بخواهم تو را برای مخالفت با خود سرزنش کنم. سخت است جدایی تو بر من و از دست دادن تو برای من. ولی چه کنم چاره ای نیست. به خدا سوگند مصیبت پیامبر خدا را بر من زنده کردی و وفات و رفتن تو بر من بسیار گران است.

«انا لله و انا الیه راجعون» «ما برای خداییم و بسوی او باز می گردیم» چقدر این مصیبت فاجعه است و چقدر دردناک و چه سوزناک و چه حزن آور است. به خدا سوگند این مصیبتی است که تسلیتی بر او نیست و بلایی است که جبران ناپذیر است.

آنگاه هر دو، ساعتی گریستند و حضرت، سر فاطمه علیها السلام را گرفت و به سینه چسباند و فرمود: هر وصیتی که داری بگو آنگونه که تو دستور می دهی عمل خواهم کرد و نظر شما را بر نظر خویش مقدم می دارم. سپس حضرت زهرا علیها السلام گفت: ای پسر عمو! پیامبر خدا بهترین پاداش را به تو دهد، اولین وصیت من این است که: پس از من با دختر خواهرم امامه ازدواج کنی چرا که او همچون خودم برای فرزندانم می باشد و چرا که مردان نیازمند داشتن همسر هستند....

آنگاه حضرت فاطمه علیها السلام گفت: ای پسرعمو! برای من تابوتی سرپوشیده فراهم کن چرا که فرشتگان شکل آن را نشانم داده اند. حضرت علی فرمود: خصوصیات آن را برایم بازگو. حضرت شرح داد و علی علیه السلام چنین تابوتی برایش فراهم ساخت...

آنگاه حضرت زهرا علیها السلام گفت: تو را سفارش می کنم که احدی از آنان که به من ظلم کردند و حقم را بردند بر جنازه من حاضر نشوند چرا که آنان دشمن من و رسول خدایند و مگذار احدی از آنان و احدی از پیروانشان بر من نماز بگزارد و مرا شبانه به خاک بسپار آن هنگام که چشم ها آرام می گیرند و به خواب می رود. پس از آن، حضرت وفات کرد. سلام خدا بر او و بر پدرش و بر شوهرش و بر فرزندانش باد.